病原微生物检测是直接检测病原微生物，或其抗原、代谢产物、核酸等。下面说说这两种常见的检测方法。
 

　　

　　1、生化方法

　　

　　生化方法检测病原微生物实际上是测定微生物特异性酶。由于各种微生物所具有的酶系统不全相同，对许多物质的分解能力亦不一致。因此可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无，从而达到检测特定微生物的目的。如沙门氏菌能产生辛酯酶，这一性能是除沙门氏菌外的各属肠杆菌科细菌所不具备的。该方法是以42甲基伞形酮辛酯(MUCAP)为底物，经沙门氏菌的酶降解后，释放出4MU，在紫外灯下观察其发出的蓝色荧光。该方法简便易行，从加入底物到紫外灯下观察到出结果仅需几分钟即可完成。其灵敏度和特异性分别可达95%和90%。对与H2S(+)反应的沙门氏菌该法更为敏感，灵敏度和特异性均接近100%。大肠埃希氏菌具β2葡萄糖醛酸酶，但以O157:H7为代表的肠出血性大肠埃希氏菌(EHEC)却不具此酶，故β2葡萄糖醛酸酶阴性已成为初步筛查EHEC的重要特征。白色念珠菌具肽酶及N2已酰β2D半乳糖苷酶，分别以合适的试剂检测，两酶均阳性即为白色念珠菌。

　　

　　2、血清免疫学方法

　　

　　免疫学技术是利用特异性抗原抗体反应，观察和研究组织细胞、特定抗原(抗体)的定性和定量技术。为了显示和观察这种抗原抗体反应，需要预先将某种标记物结合到抗体上，借标记物的荧光或酶的有色反应、放射性或高电子密度，在光镜或电镜下进行定性、定位或定量研究。各种形式的免疫分析方法如放射免疫分析(RIA)、酶免疫分析(EIA)、间接酶联免疫吸附(ELISA)、荧光免疫分析(FIA)、生物发光免疫分析(BIA)、化学发光免疫分析(CIA)等，直接检测微生物或通过间接检测微生物的成份及微生物代谢产物(如毒素)检出微生物。各大文献数据库提供的数据显示，几乎建立了病原体的血清学检测方法，表明该方法也成为了一种实验室常用的成熟的检测技术。