病原微生物是指可以侵人体，在宿主中生长繁殖、释放毒性物质等引起机体不同程度病理变化、发生感染的微生物，包括细菌、病毒、真菌、寄生虫、衣原体、支原体等。病原微生物检测并非新领域，基于病原学证据的抗感染一直都是临床诊疗的'金标准'。如果能尽早识别致病病原、启动恰当的抗感染方案可改善患者预后，尤其是重症感染者。病原微生物检测在感染判定中意义重大，越来越多的检测技术引入临床，除了传统的检测方法如涂片染色、培养分离、免疫学技术、核酸检测等，还有新兴的二代测序技术(Next-generationsequencing，NGS)等。

　　病原微生物检测细菌的致病物质细菌的致病物质主要包括细菌的菌体表面结构、侵袭性酶及毒素。

　　菌体表面结构有两类，一类具有黏附作用的结构，如磷壁酸、多包被、菌毛等；另一类是具有抗吞噬作用的结构，如荚膜、微荚膜、A型链球菌的M蛋白、金葡菌的A蛋白等。侵袭性酶是细菌合成分泌的胞外酶，一种有抗吞噬作用的酶，如黄色葡萄球菌产生的血浆凝固酶，可在细菌周围形成纤维蛋白包裹层，抵抗人体吞噬细胞和补体、抗体的作用，保护细菌。另一种可帮助细菌在体内扩散的酶，如A型链球菌产生的透明质酸酶。

　　细菌的毒素有内毒素和外毒素。内毒素是革兰氏阴性细菌细胞壁的脂多糖，在细菌死亡裂解时释放，对人和动物有毒性，被称为内毒素，其主要成分是类脂A。由于多数革兰氏阴性细菌的内毒素类脂A化学组成相似，因此对人类产生的致病作用也相似，主要是引起机体发热、白细胞数量的改变、内毒素血症和休克、弥散性血管内凝血(DIC)等。重度革兰氏阴性细菌感染时，大量内毒素直接激活凝血系统，导致严重的临床综合征而死亡。外毒素是由活致病菌产生的蛋白性物质，又称为分泌性毒素，毒性强烈且具有组织器官特异性。根据外毒素作用靶细胞的不同，外毒素可分为神经毒素、细胞毒素和肠毒素。